口は食物接種・呼吸・社会生活により外界から常に細菌が入ってきている。細菌はたまたま入ってきてすぐいなくなるものと、口の中に住み着くものがある。住み着いているものを口腔常在菌という。常在菌には、無害なものも有害なものもあるが、代表的な菌には以下のようなものがある。

Streptococcus salivarius：舌表面の最優勢菌種
Streptococcus mitis：頬粘膜および歯牙表面
Streptococcus sanguis：歯牙表面に生息する口腔レンサ球菌で齲蝕病原性は弱い
Streptococcus mitior：口腔レンサ球菌で齲蝕病原性はないとされている。
Streptococcus mutans：歯牙表面に主に生息するが検出頻度は低い。しかし、齲蝕病巣からは確実に分離される。菌体外グルカンや乳酸の産生、酸性条件下での増殖能などから齲蝕の原因菌とされている。
Porphyromonas gingivalis：歯肉溝に生息し、歯周疾患の原因菌として注目されている。
Bacterionema matruchotii：歯垢に生息する線維状または多形態性のグラム陽性桿菌である。
Propionbacterium acnes：嫌気性無芽胞グラム陽性菌で、糖を発酵してプロピオン酸と酢酸を産生する。主に皮膚と腸管に生息している。

多くの菌が生息しており、むし歯や歯周病をおこすと考えられている。サングイス菌は、心内膜炎・ベーチェット・川崎病との関連が研究されている。

ミュータンス菌は、むし歯の１７％、むし歯でない歯の１．５％に分離されるので、むし歯の原因菌と考えられている。しかし、この菌だけでむし歯になるのではなく、他にも多くの菌が関係し（参照　biofilm ）、さらに菌がつくー＞病気という単純なものではなく、口腔内の総合環境によって発症するものである。たとえば次のような研究がある。

乳歯う蝕発生に対するStreptococcus mutans (Str. mutans), 糖質摂取.歯質耐酸性のう蝕要因としての関連性を検べる目的で, 生後13カ月から17カ月の無う蝕の子供29名を対象とし, 初回, 半年後1年後の3回に亘り, う蝕発生の状態と歯垢中レンサ球菌の培養による検出, また歯垢の酸産生力, さらにその期間中の間食による糖質の摂取状態を問診により調査,した。.歯垢の酸産生力とう蝕発生あるいは, Str. mutansの出現との間に関連性がみられたものの、乳歯う蝕発生とStr. mutansのみとの関連度よりも, 糖質摂取, 歯質の耐酸性要因を加えた場合により高い相関性が示された